在选择离子对试剂时，烷基链的长度是必须考虑的因素，因为碳链的长度决定了对样品的分离。碳链越长，对离子的疏水性越强，如表1 和图1 中所示，Q12 的保留时间是Q5 的20 倍。表1 和图1 同时也表明，Q 系列试剂的链长明显影响了苯甲酸的保留时间，而对苯甲醇的保留时间没有影响。S 系列试剂也具有同样的保留特性。
下面是选择离子对试剂的步骤
选择一支柱子，通常是端基封尾的C18 柱（Diamonsil）
使用色谱纯的水和试剂
选择获得*分离效果的流动相的配比
如果样品中含有非离子组分，在进样前需*化样品溶液
选择合适的对离子，酸性化合物选用Q 系列试剂，碱性化合物选用S 系列试剂
选择合适的碳链长度，使分离度达到zui大（图2）
一旦选定离子对试剂，可以通过调整pH 值来获得*分离。
由于pH 值能够显著影响保留时间，所以在调整时，应该微调，不可调整幅度太大。离子对试剂在流动相中的理想浓度通常是0.005 M，但是也可以通过调整其浓度的大小来优化分离效果（表2）。
