亲水亲脂平衡柱在经过出厂测试后是保存在乙腈/水的流动相体系中的。
①在平衡之前，请一定确保您所使用的流动相和乙腈/水互溶；
②新柱应先以10－20倍柱体积的甲醇或纯乙腈作流动相冲洗。
③如果您所使用的流动相中含有缓冲盐或离子对试剂，应注意在乙腈冲洗后用高比例水"过渡"。即每天分析开始前必须先用高比例水冲洗30分钟以上（防止盐析出），再用缓冲盐流动相平衡；分析结束后须先用高比例水冲洗30分钟以上，除去缓冲盐之后再用甲醇冲洗30分钟（保护柱子）。
亲水亲脂平衡柱的柱平衡对分离的影响，先解释一下，当流动相流经过干燥的固定相的时候，发生了什么。
1、干燥活性硅胶，迅速吸收溶剂进入其孔隙当中和表面，尤其是一些极性溶剂，吸收更加明显。
2、吸收过程中，溶剂将残留在孔隙中大空气赶跑，要将整个柱子里面的气泡全部排净，大约需要两到三个柱体积。
3、柱平衡过程中，溶剂吸附到硅胶基质上面，会放出大量的热量，体系内温度会随之上升，很有可能流动相在这个过程中会达到沸点（流速越大，极性越高，产生的热量就越多），同时这个热量消散的速度也比较快，往往溶剂前沿部分热量较高，一个柱体积后即可回到室温。同时，温度上升也会导致在流动相接触到筛板的时候，会产生比较大的背压。
4、当起始热量消散后，硅胶表面会继续吸收溶剂极性成分，柱平衡充分运行之后，吸收的极性溶剂成分也会慢慢的趋于平缓，例如：在乙酸乙酯和正己烷的体系当中，在充分的柱平衡过程中，色谱柱上下两端的乙酸乙酯的浓度的差异性会逐渐趋于相同。
