正确的使用聚合物基质液相色谱柱是很重要的，并且对液相分析非常有帮助的。接下来的文章是一些使用、清洗和保存液相聚合物基质色谱柱的指导。这些指导根据两方面来分的，一方面是根据柱的基质，另一方面是表面键和的化学固定相。
采用纯聚合物基材，因此具有较佳的耐缄性，适用于带有芳香环以及不饱和化合物的分离/纯化。此类柱提供了广范的溶剂的选择，pH范围可丛1-13。聚合物C18从亲水的甲基丙烯酸酯键合C18官能团，利用亲水的聚甲基丙烯酸酯载体键合ODS性能相似于硅胶键合ODS甲基丙烯酸酯在聚合前就用C18官能团化，因此有较大的重现性没有硅醇基和金属杂质，有用的颗粒度在pH1-13间稳定。和所有的标准的反相溶剂都相容。
在pH2~12范围内呈现出较高的化学稳定性，使其可以在碱性条件下被使用。较宽的pH范围还可以使用多碱性化合物在非带电形式下得到分析，减少了二次相互作用发生进而改善分析峰形。由于二次相互作用的降低，大大改善了对肽和蛋白质的回收。
聚合物基质液相色谱柱的存储方法：
未改性疏水聚苯乙烯-二乙烯基苯填料
可以使用硅胶基质色谱柱的长期储存方法，即在有机溶剂中长期储存。建议使用乙腈保存。
聚合物离子交换填料
不得用高浓度的有机溶剂储存。建议使用水溶液并保存在冷藏的环境下，防止藻类菌类生长。
