免疫亲和柱在标准的洗脱条件下很难洗脱的抗原一般是由多种化学键连接的。将几种洗脱条件结合使用可以有效克服这些问题。
如果抗原不能用简单的条件洗脱，更换抗体可能比试用各种条件要容易些。
一般使用过的层析柱比新柱洗脱更容易，所以新柱洗脱一般需要较苛刻的条件才能洗脱抗原。
试用梯度洗脱方法，使抗原的洗脱峰清晰而陡峭。
避免使用二硫苏糖醇和其他还原剂，因其能破坏抗体重链和轻链间的链间二硫键。
值得注意的是当测试不同的洗脱条件时，有些缓冲液虽然不能洗脱抗原，但在其他条件改变后仍可能是有效的洗脱缓冲液。
实际上有些非洗脱缓冲液，可能改变抗原抗体反应的平衡。例如高盐条件具有疏水作用。应用这些条件可以比较容易地收集抗体基质上的抗原。
