极性改性反相色谱柱是指利用非极性的反相介质为固定相，极性有机溶剂的水溶液为流动相，根据溶质极性的差别进行溶质分离与纯化的洗脱色谱法。与HIC一样，RPC中溶质也通过疏水性相互作用分配于固定相表面，但是，RPC固定相表面被非极性基团所覆盖，表现出强烈的疏水性。因此，需用极性有机溶剂或其水溶液进行溶质的洗脱分离。
溶质在反相介质上的分配系数取决于溶质的疏水性，一般疏水性越大，分配系数越大。当固定相一定时，可以通过调节流动相的组成调整溶质的分配系数。RPC主要应用于相对分子质量低于5000，特别是1000以下的非极性小分子物质的分析和纯化，也可以用于蛋白质等生物大分子的分析和纯化。由于反相介质表面为强烈疏水性，并且流动相为低极性的有机溶剂，生物活性大分子在RPC分离过程中容易变性失活，所以，以回收生物活性蛋白质为目的时，应注意选用适宜的反相介质。
反相介质的商品种类繁多，其中代表性的是以硅胶为载体，通过表面键合非极性分子层制备。通过控制反应时间和温度，可获得性能稳定的反相介质。在硅胶基质的反相填料中，以键合有C18、C8、C2的球形多孔填料较为常见，用途较广。
RPC固定相大多是硅胶表面键合疏水基团，基于样品中的不同组分和疏水基团之间疏水作用的不同而分离。在生物大分子分离中，多采用离子强度较低的酸性水溶液，添加一定量乙腈、异丙醇或甲醇等与水互溶的有机溶剂作为流动相。
极性改性反相色谱柱的日常使用注意事项：
1、如果使用极性或离子性的缓冲溶液作流动相，应在实验完毕柱子冲洗干净，并保存于甲醇或乙腈中。
2、氯化物的溶剂对其有一定的腐蚀性，故使用时要注意，柱及连接管内不能长时间存留此类溶剂，以避免腐蚀。
3、若流动相是缓冲盐并且盐的浓度比较高分析完毕样品不要停泵，要立即冲洗色谱柱或者低流速平衡，以免色谱柱前段柱筛板堵塞。
4、使用预柱保护分析柱（硅胶在极性流动相/离子性流动相中有一定的溶解度）。
5、避免流动相组成及极性的剧烈变化。
6、流动相使用前必须经脱气和过滤处理。
