液相色谱柱的选择直接影响了分离效果的好坏，选择合适的色谱柱可以缩短法开发所需的时间，并且使方法更具稳定性。
液谱相色柱选择方法和液相色谱柱选择的简单思路如下：
1.确定分离目的确定你的应用是否要求高分离度、短分析时间、高灵敏度、长柱寿命，低的操纵本钱等等。
2.评估分析物的化学性质评估分析物的化学性质..诸如化学结构、溶解性、稳定性等等。
3.选择合适的色谱柱了解色谱填料的物理和化学性质。
  液相色谱柱由检测器、高压液体泵及液相色谱柱等三部分组成，其中液相色谱柱的正确安装和使用，是液相色谱工作的关键;同时也是液相色谱工作者获得正确且可靠的实验数据的必经之路。
  液相色谱柱在使用前，进行柱的性能测试，并将结果保存起来，作为今后评价柱性能变化的参考。在做柱性能测试时要按照色谱柱出厂报告中的条件进行（出厂测试所使用的条件是正常条件），只有这样，测得的结果才有可比性。液相色谱柱的分离作用是在填料与流动相之间进行的，柱子的分类是依据填料类型而定。但要注意：柱性能可能由于所使用的样品、流动相、柱温等条件的差异而有所不同。色谱柱在使用一段时间后,常遇到柱子受污染,柱效下降的问题,采用适当的方法对色谱加以保护和再生,能够延长色谱柱的使用寿命。