CN氰基色谱柱的键合官能团氨丙基要比C18,C8柱的键合官能团C18,C8容易水解，所以首先要做好其使用寿命稍逊的心理准备，特别是当你的使用条件是反相条件下时。
反相条件使用时，要特别注意控制PH值范围，PH值越低越有发生水解的危险，流动相中水的比例越高当然也越有发生水解的危险。所以，在使用后以及准备长时间放置时，必要的清洗和将氨基柱保存于纯的有机溶剂中是必需的。
当使用CN氰基色谱柱进行酸性物质如果汁中糖份的分析时，酸性物质的存在意味着质子的存在，可能会使略带负电荷的氨基官能团质子化，使用一段时间后对于某类的分析物保留性质有所改变或表现为柱效下降。这时，专家所给的建议是：用5-10倍的柱体积的含0.5-1.0％NH3的50-50乙腈-水溶液冲洗该柱（冲洗后当然要再用不含碱的流动相洗去多余氨），之后再进行分析这类酸性分析物时建议在流动相中略微添加少许氨如0.1％。
CN氰基色谱柱的清洗
简单说起来，正相条件下使用的氨基柱参照硅胶柱的清洗方法；反相条件下使用的CN氰基色谱柱参照C18的清洗方法。
（1）平时在正相条件下使用：
首先用50倍柱体积的异丙醇清洗，因异丙醇粘度较大需适当放低流速；之后，用50倍的甲醇清洗；之后，用异丙醇过渡回到平常使用的正相流动相，即可。
（2）平时在反相条件下使用：
缓冲盐应及时冲洗，不能直接用纯甲醇冲洗缓冲盐等，属常识就不作特别交待。
用50倍纯甲醇冲洗；之后，用异丙醇过渡后，用二氯甲烷冲洗色谱柱；之后，再用异丙醇过渡回来到甲醇条件下。
这些清洗方法，主要是针对当样品中有杂质逐步吸附累积到填料上时的处理方法，色谱柱表现行为为诸如柱压增高柱效降低等。
